Մայր Աթոռ Ս. Էջմիածնի Գևորգյան հոգևոր ճեմարանը, շարունակելով Սուրբ Էջմիածնի Մաշտոցյան դպրոցի, հայոց երանելի հայրապետների եւ մեծ ուսուցչապետերի դպրոցաշեն ավանդները, մշտապես հավատարիմ է եղել բարձրակարգ կրթություն մատուցելու իր կոչմանը, հավատավոր, հայրենանվեր ու եկեղեցասեր, քաջամիտ ու կորովի հայ հոգևորականներ կրթելու իր առաքելությանը:

Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսն իր անդրանիկ կոնդակում հստակ ձևակերպել է ճեմարանական կրթության բարեփոխմանը միտված ծրագրային հետևեալ հիմնադրույթը. «Հոգևոր կյանքի զորացման ճանապարհին առաջնահերթ կարևորում ենք հոգևորական նոր սերնդի դաստիարակությունը, որպեսզի օր առաջ կյանք մտնեն Ավետարանի ճշմարտության լույսով զինավառ, շնորհներով լի, մեզ գործակից նվիրեալ հոգևոր սպասավորներ` առաջնորդելու և համախմբելու մեր զավակներին Մայր Եկեղեցու, հայրենական ավանդների շուրջ: Հայրական մշտական հոգածության ներքո պիտի պահենք ուսումնակրթական գործընթացների կազմակերպումը»:

Անդրանիկ կոնդակի հրապարակումից ընդամենը 4 ամիս անց՝ 1999 թ. հունիսին, Հայրապետի գլխավորությամբ ճեմարանի մասնագետների խումբը ձեռնամուխ եղավ հոգևոր-կրթական հաստատության բուհի կարգավիճակ ստանալու համար անհրաժեշտ փաստաթղթերի նախապատրաստության գործին:

Հայոց Հայրապետի կողմից առաջադրված հիմնախնդիրները ենթադրում էին Ճեմարանի շուրջ 130-ամյա հարուստ փորձի եւ ճեմարանական կրթության հիմնարար ավանդույթների պահպանմամբ արդի պահանջներին համապատասխան աստվածաբան-հոգևորական պատրաստելու գործընթացի իրականացում, ինչպես նաև ժամանակի հայրենական եւ արտասահմանյան բարձրագույն կրթության չափանիշներին համապատասխանող նորմատիվային նոր փաստաթղթերի կազմում, ներդրում եւ դրանց վերահսկողութեան գործընթացայի կազմակերպում:

Նախապատրաստվեց Ճեմարանի՝ երկաստիճան կրթության անցնելու համար պահանջվող փաստաթղթերի փաթեթը: Ամբողջական տեսք ստացավ Ճեմարանի ծրագրային փաստաթուղթը` Կանոնադրությունը, որտեղ հստակ կերպով սահմանված էին ճեմարանական կրթության գործընթացային մոտեցման, Ճեմարանի արդյունավետ կառավարման, կրթական գործընթացների պլանավորման ու վերահսկողության մեխանիզմները: Նախապատրաստվեցին նաև բարձրագույն կրթության պետական չափորոշիչներին լիովին համապատասխանող ենթականոնադրական նորմատիվ ակտեր (Կանոնակարգեր, Կարգեր), հիմնադրուեցին չորս ամբիոններ:

Նախապատրաստվեցին նաեւ Ճեմարանի երկաստիճան կրթության ուսումնական նոր պլաններ, իսկ ծրագրային պահանջները լիովին համապատասխանեցվեցին և՛ ճեմարանական ավանդական կրթության պահանջներին, և՛ ժամանակի բարձրագույն կրթության չափանիշներին: Մեկամյա փորձաշրջանից հետո ուսումնական նոր պլանները հաստատվեցին Վեհափառ Հայրապետի կողմից: Այդ ամենով Ճեմարանը սահուն կերպով անցում կատարեց բարձրագույն աստվածաբանական կրթության:

Հայաստանի Հանրապետության Կառավարության 2002 թ. յունիսի 13-ի № 833-Ա որոշումով Ճեմարանը պաշտոնապես համարվեց բարձրագույն ուսումնական հաստատություն` Աստվածաբանական համալսարան, ինչը յունիսի 22-ին վավերացվեց ՀՀ Նախագահի կողմից:

2007 թ. հունիսի 13-ին ՀՀ ԿԳՆ նախարարի կողմից (պետական հավատարմագրման թիւ 234 վկայականի հավելված) Ս. Էջմիածնի Գևորգյան հոգևոր ճեմարան-աստվածաբանական համալսարանին իրավունք վերապահեց 0222 «Աստվածաբանություն» մասնագիտությամբ շրջանավարտներին շնորհել «Ասվածաբանության բակալավր» և «Աստվածաբանության մագիստրոս» հավատարմագրված մասնագիտության դիպլոմ:

Երբ ՀՀ Կառավարության որոշմամբ հանրապետութեան բուհական համակարգը ներառվեց Բոլոնյան գործընթացում, Ճեմարան-Աստվածաբանական համալսարանում ևս կարիք զգացվեց բուհական մասնագիտական կրթության նոր պահանջներին համապատասխան վերանայել եւ ճշգրտել բակալավրիատի եւ մագիստրատուրայի ուսումնական պլաններն ու առարկայական ծրագրերը:

Ճեմարանի չորս ամբիոնների միավորմամբ վերակազմվեցին երկու` Աստվածաբանության (աստվածաշնչագիտություն, դավանաբանություն և գործնական աստվածաբանություն հոսքերով) և Պատմական աստվածաբանության և հումանիտար առարկաների (պատմական աստուածաբանություն, հումանիտար և պատմական առարկաների, ինչպես նաև` լեզվաբանասիրական հոսքերով) ամբիոններ:

Ճեմարանի կրթական աստիճանների բարեփոխված ուսպլանները կոչված են ապահովելու հոգևոր սպասավորության արդի պահանջներին համապատասխան մակարդակ ունեցող մասնագետ-հոգևորականների պատրաստումը: Դրանք լիովին համապատասխանում են եվրոպական կրթական տարածքին առաջադրված պահանջներին եւ կազմվել են Ճեմարանում կուտակված 140-ամյա դրական փորձի հիման վրա՝ պահպանելով այդ փորձի հիմնարար սկզբունքները:

Ճեմարանում պատրաստում են բակալավր, մագիստրոս և ասպիրանտ, ինչպես նաև` դիպլոմավորված մասնագետներ (քահանայից պատրաստման դասընթացներում):

Բակալավրիատը (ապահովում է ոչ մասնագիտական բարձրագույն կրթություն) և քահանայից պատրաստման լսարանը (պատրաստում է որակավորված մասնագետներ) համարվում են բարձրագույն կրթության առաջին աստիճանը:

Մագիստրատուրան համարվում է աստվածաբանական բարձրագույն կրթության երկրորդ աստիճանը (բարձրագույն մասնագիտական կրթություն), իսկ շրջանավարտներին տրվում է բարձրագույն մասնագիտական կրթության՝ «աստվածաբանության մագիստրոսի» որակավորում:

Ասպիրանտուրան մասնագիտական բարձրագույն կրթությամբ անհատների որակավորման բարձրացման համակարգ է: Այն համարվում է «գիտահետազոտական կրթություն», որի արդյունքում ծրագիրը յուրացնողին տրվում է աստվածաբանության թեկնածուի կամ փիլիսոփայության դոկտորի (PhD) գիտական աստիճան:

Ասպիրանտուրան բուհի մասնագիտացված օղակներից է, որի նպատակն է բարձրացնել բարձրագույն կրթութեամբ մասնագետների որակավորումը, իսկ դասախոսական եւ գիտական համակազմին նախապատրաստել մասնագիտական ոլորտում գիտության թեկնածուի բարձր աստիճանի: